W celu zmniejszenia skutków narażenia na szkodliwe działanie czynników biologicznych w środowisku pracy podejmuje się szereg działań profilaktycznych o charakterze medycznym, technicznym oraz  organizacyjnym. Do najskuteczniejszych środków profilaktycznych w zagrożeniach czynnikami biologicznymi, przenoszonymi drogą powietrzną, należą sprawnie działające systemy wentylacyjne. Jednakże w wielu przypadkach, stosowanie tych systemów nie jest możliwe ze względu na charakter czynności zawodowych pracowników. W takich przypadkach dostarczanie pracownikom  odpowiednio dobranych środków ochrony układu oddechowego  staje się podstawowym obowiązkiem pracodawcy. Należy jednak podkreślić, że dobór ten nie jest łatwy ze względu na brak unormowań w zakresie normatywów higienicznych, a także odpowiednich zasad postępowania przy określaniu czasu bezpiecznego stosowania tych środków ochronnych.

Jako przykład można potraktować dwa skrajne przypadki. Pierwszy, gdy pracownik wykonuje pracę w narażeniu na czynnik biologiczny należący do 2 grupy ryzyka, co oznacza, że wywołanie choroby przez ten czynnik jest mało prawdopodobne, a także istnieje możliwość skutecznego leczenia. W tym przypadku stosowanie półmaski o najniższej skuteczności ochronnej jest uzasadnione. Jednakże, gdy w środowisku pracy występuje czynnik, który wywołuje ciężki przebieg choroby i stanowi poważne zagrożenie dla zdrowia konieczne jest stosowanie najskuteczniejszych rozwiązań. Należy jednak podkreślić, że  powyższe wytyczne czy zalecenia nie są wystarczające, aby w sposób precyzyjny określić klasę ochronną.

Półmaski filtrujące o potwierdzonej skuteczności ochronnej, spełniające podstawowe wymagania, powinny być oznakowane w sposób umożliwiający użytkownikowi identyfikację klasy ochronnej, a tym samym prawidłowy wybór pod kątem profilaktyki występujących zagrożeń.  Dobór środków ochrony układu oddechowego należy rozpocząć od rozpoznania zagrożeń. Polega to na zidentyfikowaniu zanieczyszczeń powietrza występujących lub mogących powstać na poszczególnych stanowiskach pracy oraz na ustaleniu ich wpływu na organizm człowieka. Wobec braku udokumentowanych wartości NDS bioaerozoli nie jest możliwe stosowanie standardowej procedury doboru sprzętu filtrującego, polegającej na doborze klasy ochronnej (FFP1, FFP2, FFP3) do krotności przekroczenia dopuszczalnej wartości stężenia  aerozolu. Z tego powodu opracowano wytyczne doboru klasy ochronnej półmasek stosowanych do ochrony przed bioaerozolem w zależności od wielkości cząstek i grupy ryzyka zawodowego. Wytyczne te przedstawiono poniżej:

bioaerozol, którego cząstki mają wielkość powyżej 1µm i zaliczany jest do 1 grupy ryzyka - półmaski o niskiej skuteczności – FFP1, bioaerozol, którego wielkość cząstek zawiera się w przedziale < 1, 0,5 ≥ i zaliczany jest do 1 lub 2 grupy ryzyka - półmaski o średniej skuteczności – FFP2, bioaerozol, którego wielkość cząstek zawiera się w przedziale < 0,5, 0,3 ≥ i zaliczany jest do 3 grupy ryzyka - sprzęt wysokoskuteczny – FFP3.

Dodatkowo, gdy powinna być zapewniona ochrona przed krwią lub innymi płynami fizjologicznymi należy stosować półmaski o potwierdzonej skuteczności ochronnej wobec krwi i innych płynów fizjologicznych. Informację na ten temat należy szukać w instrukcji użytkowania dostarczanej przez producenta lub jego upoważnionego przedstawiciela.

Ze względu na zakres wielkości cząstek bioaerozoli stanowiących zagrożenie dla personelu medycznego półmaski o średnim stopniu ochrony przeznaczone są do stosowania, w przypadku wystąpienia zagrożeń w postaci: mikroorganizmów z grupy pneumonia i mycobacterium, mikroorganizmów charakterystycznych przy stosowaniu nubulizatorów, podczas gdy półmaski o wysokim stopniu ochrony przeznaczone są do stosowania podczas prac związanych z chirurgią laserową (głównie laserów CO2 ) oraz wobec cząstek patogenów przenoszonych przez krew. Półmaski o najniższej skuteczności zalecane są do stosowania przy bliskim kontakcie z chorym, w sytuacjach, gdy  zakażenie przenosi się drogą kropelkową (np. błonica, Mycoplasma pneumoniae, krztusiec, paciorkowcowe zapalenie gardła).

W przypadku konieczności zastosowania środków ochrony układu oddechowego wobec czynników biologicznych grupy 4 ryzyka zawodowego konieczne jest stosowanie sprzętu specjalistycznego – typu izolującego drogi oddechowe, np. sprzęt wężowy podłączony do linii sprężonego powietrza lub aparaty powietrzne butlowe.
Wybór skuteczności ochronnej półmasek jest podstawowym etapem doboru środków  ochrony układu oddechowego, jednakże nie wystarczającym do podjęcia ostatecznej decyzji. Dopiero dokonanie wyboru rozwiązania konstrukcyjnego półmasek, a nawet ustalenie czasu ich stosowania i bezkolizyjności w stosunku do innych ochron (np. gogli, okularów) pozwala uznać proces doboru za zakończony. Wyposażając pracownika w środki ochrony indywidualnej należy zawsze pamiętać, że ich użytkowanie wiąże się z odczuwaniem dyskomfortu, co może być przyczyną odrzucenia ochrony przez użytkownika. Aby temu zapobiec konieczne jest prowadzenie właściwych szkoleń poprzedzających stosowanie ochron. Istotnym elementem tych szkoleń powinno być informowanie o zagrożeniach i potencjalnych skutkach nie stosowania ochron układu oddechowego. Zalecenie to jest szczególnie istotne w zapobieganiu zagrożeniom w postaci czynników biologicznych.