Ilość wprowadzonych zmian nie jest duża, jednak za wyjątkiem zmian dotyczących mikroorganizmów zmodyfikowanych dość istotna.
Przede wszystkim zmienił się § 2 rozporządzenia zawierający definicję szkodliwego czynnika biologicznego.
Zgodnie z obecnym brzmieniem są to czynniki mogące być przyczyną zakażenia, alergii lub zatrucia i obejmują:
- drobnoustroje komórkowe, w tym zmodyfikowane genetycznie;
- jednostki bezkomórkowe zdolne do replikacji lub przenoszenia materiału genetycznego, w tym zmodyfikowane genetycznie;
- hodowle komórkowe;
- pasożyty wewnętrzne człowieka.
Przedstawiona definicja poza zmianami redakcyjnymi (wymienienie w punktach a nie jak poprzednio w jednym zdaniu, co obejmują szkodliwe czynniki biologiczne) została również rozszerzona o pasożyty wewnętrzne człowieka, które nie były uwzględnione w poprzedniej definicji.
Zmiany zawarte w § 4 ust.3 mają charakter redakcyjny i zostały wprowadzone w związku z uchwaleniem tekstu jednolitego ustawy z dnia 22 czerwca 2001 o organizmach genetycznie zmodyfikowanych. Po uchwaleniu tekstu jednolitego ustawa ogłoszona została w Dz.U. z 2007 r. nr 36, poz. 233.
W § 8 ust.1 rozporządzenia dodano również obowiązek poinformowania inspektora sanitarnego o użyciu szkodliwego czynnika biologicznego w celach diagnostycznych. Dotychczas były to cele naukowo-badawcze lub przemysłowe.
W związku z tym dodany został również nowy przepis zobowiązujący pracodawcę, który użył, w celach diagnostycznych, szkodliwego czynnika biologicznego zakwalifikowanego do grupy 2-4 zagrożenia, przed dniem wejścia w życie rozporządzenia do przekazania właściwemu inspektorowi sanitarnemu, w terminie 30 dni od daty wejścia w życie tego rozporządzenia, informacji o tym fakcie.